Можно ли отказаться от участия в ЕГЭ?
Нет. Там, где проводится ЕГЭ как обязательная форма сдачи выпускных экзаменов, отказаться нельзя. 
Обязательно ли участие в эксперименте ЕГЭ выпускников, претендующих на медали, обучающихся с углубленным изучением предметов?
Да, в ЕГЭ должны участвовать все выпускники регионов, где проводится ЕГЭ, независимо от их успеваемости. 
Могут ли выпускники, обучающиеся на очно-заочной форме, сдавать ЕГЭ?
Выпускник региона, где проводится ЕГЭ, сдает Единый Госэкзамен вне зависимости от формы получения образования по тем общеобразовательным предметам, сдача которых в форме ЕГЭ предусмотрена в данном субъекте РФ. 
Будут ли "скидки" ученикам малокомплектных школ?
Все задания одинаковы и для выпускников обычных средних школ, и для тех, кто учился в школах и классах "с уклоном". Организаторы эксперимента рассуждают так: не важно, где тебя учили, важно, как ты знаешь предмет. Кому-то это покажется слишком трудным делом, но зато оценка будет учитываться везде как более объективная. 
Должны ли сдавать ЕГЭ дети с ослабленным здоровьем?
Для выпускников XI (XII) классов с ограничениями по состоянию здоровья предоставляется право выбора сдачи выпускных экзаменов в традиционной форме или в форме ЕГЭ.
В рамках ЕГЭ не предусмотрено щадящего режима сдачи экзаменов. Щадящий режим может проводиться только в традиционной форме. 
Экзамен по географии, который они сдавали в традиционной форме в 10-м классе, нужно будет пересдавать в форме ЕГЭ?
Экзамен по географии, который учащийся сдал после 10 класса, обязаны засчитать в качестве выпускного, то есть для итоговой аттестации сдавать снова географию не придется.
Но при поступлении в ВУЗ на специальность, где есть вступительный география и по географии сдают ЕГЭ на территории субъекта, выпускнику придется сдавать географию в форме ЕГЭ в июле в ВУЗе. 
Можно ли абитуриенту ВУЗа региона, участвующего в эксперименте по ЕГЭ, не использовать свидетельство ЕГЭ и поступать, сдавая традиционные экзамены?
Да, можно. Вы можете сдавать обычные вступительные экзамены, если ВУЗ таковые проводит, если же ВУЗ принимает по результатам ЕГЭ, Вам будет необходимо предоставить свидетельство ЕГЭ.

По материалам сайта: Портал информационной поддержки Единого Государственного Экзамена